A mohácsi vész után a magyar trónért ketten versengtek. Az osztrák uralkodó, Ferdinánd arra hivatkozott, hogy II. Lajos apja, II. Ulászlóneki ígérte a koronát, ha a fia utód nélkül hal meg. Ám a magyar nagyúr, Szapolyai János erdélyi vajda is király akart lenni. Azzal érvelt, hogy a nemesek húsz évvel korábban úgy döntöttek: ha kihal a Jagellók férfiága, csak magyar embert választanak meg a trónra. Végül mindketten megkoronáztatták magukat. I. János (1526—1540) és I. Ferdinánd (magyar király: 1527— 1564) egyaránt azt hirdették: az ország feletti uralom kizárólag saját joguk, s a másik csak bitorolja.

A két király közötti versengés 1527-ben háborúvá vált. Ferdinánd zsoldosokat fogadott, és Szapolyai Jánost több csatában is legyőzte. Erdély ura nem tehetett mást, a szultántól kért támogatást. Ennek nagy ára volt. 1529-ben a segítségképp érkező török hadak újra végigpusztították az országot. A fővárost, Budát átadták ugyan János királynak, de a legtöbb elfoglalt végvárat maguknak tartották meg. A Habsburgok uralma alatt álló, ún. Királyi Magyarország fővárosa Pozsony lett. A magyar nemesség tudta, hogy a kettészakított, két király által irányított ország nem küzdhet meg a törökökkel. A két uralkodó tárgyalásokba kezdett egymással, amit a török előtt persze gondosan igyekeztek eltitkolni. 1538-ban Váradon (a mai Nagyváradon) egyezséget is kötöttek. E szerint János halála után az ő területeit is Ferdinánd örökölte volna. Ám Szapolyai két évvel később, nagy betegen, a halálra készülve másképp döntött. Trónját, az általa irányított keleti országrészt és Erdélyt fiára, János Zsigmondra hagyta. A kisgyermek feletti gyámsággal a kor egyik legjobb diplomatáját, a pálos rendi szerzetest, Martinuzzi György barátot (elterjedt nevén Fráter Györgyöt) bízta meg. Amikor erről Ferdinánd értesült, bosszúra szánta el magát. Arra, hogy hadat indítson, sem pénze, sem katonája nem volt. Ezért úgy döntött: a titkos megállapodást az ellenség, a szultán tudomására hozza.

A törököket felháborította, hogy szövetségesük, János király a hátuk mögött tárgyalásokat folytatott. Bár végül elismerték a kisgyermeket, János Zsigmondot (1540—1571) uralkodónak, nem bíztak többé a magyarokban. 1541-ben a török hadsereg újra Magyarországra érkezett. A csecsemőkorú király és helyette uralkodó édesanyja, Izabella számos előkelővel együtt Budán tartózkodott. A vára alá érkező szultán — barátságot színlelve — ebédre hívta meg őket. Ám az ebéd végén sok magyar előkelőt fogolyként vittek magukkal, akiknek többsége nem is szabadult ki soha többet. (A hagyomány szerint itt született a mondás: „hátravan még a fekete leves”, vagyis: a baj még csak most jön. A törökök azzal tartóztatták az indulni akaró magyarokat, hogy várjanak, mert a kávé — a „fekete leves” — még nem készült el. Amikor felszolgálták az italt, elfogták a meglepett urakat.)

Miközben a magyar királyné és kísérete gyanútlanul a szultán sátrában időzött, a török katonák, mintha csak nézelődnének, besétáltak Buda várába. Egy jeladás után hirtelen valamennyien fegyvert ragadtak. A váratlan támadás ellen a védők nem tudtak semmit tenni. Az ország fővárosa 145 évre a török kezére került.

Az ország három részre szakadt. Erdélyben és a Magyarországtól hozzá csatolt keleti vármegyékben (ezeknek a neve: Részek, latinul Partium)János Zsigmond és édesanyja uralkodtak. Őket a szultán azzal a feltétellel engedte Buda alól eltávozni, hogy adót fizetnek neki, és elfogadják őt uruknak. Nyugat- és Észak-Magyarország Ferdinánd királysága alatt állt. E kettő között és délen a töröké volt a hatalom. Ennek a hódoltságnak nevezett területnek a lakossága nagyon sokat szenvedett. A török jog szerint minden föld tulajdonosa a szultán volt, aki a katonai szolgálatért cserébe kisebb-nagyobb birtokokat a rajta élő jobbágyokkal együtt alattvalóinak adományozott. Ezeket a birtokokat azonban bármikor vissza is vehette az uralkodó. Ezért a török földesurak igyekeztek gyorsan meggazdagodni, kíméletlenül megadóztatva a birtokaikat művelő, ott élő népeket.

Uraik kapzsisága mellett a kisebb településeken, falvakban élő népeknek a megismétlődő háborúktól, kisebb-nagyobb csetepatéktól is rettegniük kellett. A hódoltság határán ugyanis egymás közelében a magyar és török várak sokasága sorakozott. Az itt szolgáló katonák rendszeresen portyáztak a másik területén, be-betörtek oda. Ez a vitézek számára egyben gyakorlást jelentett, s a ki nem fizetett bérüket, zsoldjukat is csak így pótolhatták. Támadásaikkal az ellenfél várát csak ritkán tudták elfoglalni. A környék népének viszont sok szenvedést okoztak. Emiatt egész vidékek váltak lakatlanná. Némi védelmet a portyázás ellen csak az jelentett, ha a parasztok minél nagyobb településre költöztek, ahol össze tudtak fogni. Az Alföld hatalmas kiterjedésű, falusias külsejű települései, mezővárosai (például Kecskemét, Nagykőrös vagy Debrecen) ekkor jöttek létre.

Az állandó katonai összecsapások átalakították a mindennapi életet, gazdálkodást is. Korábban a mezőgazdaságban a szántóföldek megművelése és állatok tartása egyaránt elterjedt volt. A török időkben a marhatenyésztés egyre fontosabb lett. A hatalmas termetű szarvasmarhákat igen jó pénzért lehetett eladni Nyugat-Európa piacain. Legeltetésük, terelésük nem volt könnyű dolog. Az evvel foglalkozók igencsak fárasztó életet éltek. Nemcsak az akkor még elterjedt farkasoktól, medvéktől kellett megoltalmazniuk az állatokat, hanem a környéket fosztogató katonáktól is. A marhák hajtói, akiket hajdúknak neveztek, szilaj, olykor kegyetlen emberek voltak, de kiváló vitézek is. Őket az egymással küzdők, a törökök, de főleg Erdély és a királyi Magyarország uralkodói is gyakorta fogadták fel katonának.

A folyamatos háborúskodás, egymás területének prédálása ellenére a három részre szakadt ország urai tárgyalásokra szánták el magukat. A tét Erdély birtoklása volt. A Bécsben székelő Habsburg Ferdinánd meg akarta szerezni ezt a területet. Ugyanez volt a célja utódjának, I. Miksának (1564—1576). Velük szemben a szultán politikája arra épült, hogy megakadályozza Erdély és Magyarország egyesítését.

János Zsigmond nevelője, György barát (Martinuzzi György) elfogadta volna a Habsburgok uralmát, ám cserébe védelmet kért a török ellen. Ferdinánd küldött is katonákat, ám ez a sereg csak kis létszámú volt. Martinuzzi György ezért igyekezett a szultánnal is fenntartani a jó viszonyt. A segítségére jött Habsburg-zsoldosok árulónak tartották. Vezérük, miután Ferdinánd erre engedélyt adott, 1551-ben megölette a barátot.

György barát meggyilkolása után János Zsigmond immár maga viselhette a koronát. A fiatal uralkodó azonban tehetetlennek bizonyult. Trónját egyaránt féltette a szultántól és a Habsburgoktól, ezért 1570-ben szerződést kötött az új császárral, Habsburg Miksával. Cserébe azért, hogy élete végéig megőrizheti Erdély birtokát, János Zsigmond lemondott a magyar királyi koronáról, és felvette az Erdély fejedelme címet. Amikor 1571-ben meghalt, az erdélyi országgyűlés a szerződés ellenére sem adta át az országot a Habsburgoknak. Az urak a kiváló hadvezért, Báthory Istvánt (1571— 1586) választották meg fejedelemnek. Uralkodása alatt Erdély önállósága tovább erősödött. A fejedelem udvarának fénye és kultúrája ekkor vált Európa-szerte híressé.

Báthory soha nem tett le arról, hogy országát egyesítse a nyugati magyar területekkel. Tudta azonban, hogy ez egyhamar nem sikerülhet. Ezért Erdély megerősítése végett más szövetségest keresett. Törekvése sikerrel járt, amikor megszerezte Lengyelország trónját. A művelt uralkodó emlékét a lengyel nemzet máig megőrizte. Báthory Erdélyt belülről is meg akarta erősíteni. Hogy az adóbevételeket növelje, a székely népből igyekezett a szegényebbeket jobbággyá tenni. Intézkedése a székely nemzet körében nagy elkeseredést váltott ki. A fejedelem halála után a székelyek többször fegyverrel is szembeszálltak utódaival.