A szultáni udvar Fülek elfoglalása és Thököly magyar fejedelemmé való kinevezése után elérkezettnek látta az időt, hogy egész Magyarországot meghódítsa. I. Lipót (1657—1705) fontosabbnak tartotta a birodalma túlsó felén, XIV. Lajos francia királlyal kialakult határviszályának a rendezését, és továbbra is fenn akarta tartani az 1664-ben Vasváron a törökkel megkötött békét. Úgy tűnt, hogy sem XI. Ince pápa sürgetése és pénzbeli segítsége, sem Sobieski János lengyel király szövetségi ajánlata nem lesz képes rávenni az uralkodót, hogy szembeszálljon a szultánnal. I. Lipót reményei azonban 1683 tavaszán szertefoszlottak. Híre jött ugyanis, hogy a török megindult Bécs elfoglalására. Nyár elejére a mohamedán had körbefogta a császári fővárost. Ám az ostrom sikertelenül végződött. A keresztény sereg, melynek élén Lotharingiai Károly és a lengyel király állottak, elsöpörte a törököket. A győzelmek nem csak a császárt lelkesítették fel. Európa ismét Magyarországra figyelt. Ezt kihasználva XI. Ince pápa szövetség kötésére bírta rá Bécset, Lengyelországot és Velencét. A szultán állama így körül volt véve. A császár nyugatról, Sobieski János keletről, Velence hajói pedig délről támadták. A pápaság a Szent Ligának elnevezett szövetséget pénzzel támogatta, és megengedte, hogy a császári udvar a magyar katolikus egyház vagyonához is hozzányúljon.

1686 tavaszára a Liga készen állt arra, hogy visszahódítsa Magyarország fővárosát, Buda várát. A seregben Európa csaknem minden népe képviselve volt. Bajorok, szászok, itáliaiak mellett svédek, angolok, skótok fogtak fegyvert. S persze, magyarok is. A végvári katonák, a Thökölytől elpártolt hajdúk és a császárhű magyar urak vitézei az első sorokban harcoltak. Buda védője, Abdurrahman pasa felkészült a támadásra. Hiába lőtte sok száz ágyú a várat, az első rohamok sikertelenek voltak. Közben megérkezett a török felmentő sereg is, és úgy tűnt, hogy az ostromlókból ostromlottak lesznek. Talán a kétségbeejtő helyzet adott erőt a keresztény seregnek, amikor 1686. szeptember 2-án végső támadásra indult. Az elkeseredett harcban maga az agg Abdurrahman is részt vett, és fegyverrel a kezében esett el.

Buda a keresztényeké lett, ám a győztesek csak egy füstölgő romhalmazt mondhattak a magukénak. A híres hadmérnök, Marsigli a romok alól kaparta ki Mátyás corvináinak a maradványait. Nemcsak a magyar királyok palotája pusztult el az ostromban, hanem a török által emelt fürdők, mecsetek nagy része is. A keresztény sereg a következő tíz év alatt szinte az egész hódoltságot vissza tudta szerezni. A török csatát csata után vesztett el. Az oldalukon harcoló Thököly fejedelem hatalma is egyre zsugorodott, végül egyszerű lovas tisztként volt kénytelen harcolni. Felesége, II. Rákóczi Ferenc édesanyja, Zrínyi Ilona egy darabig hősiesen tartotta Munkács várát, ám végül átadta azt a császári seregeknek.

Apafi Mihály nem mert nyíltan szembeszállni a törökkel, ám Bécs oldalára sem állt. A bizonytalan helyzetnek 1690-ben a fejedelem halála vetett véget. Erdély ura ekkortól I. Lipót lett. Az uralkodó Erdélyt továbbra is külön államnak tekintette, nem olvasztotta egybe Magyarországgal, nem állította vissza a török idők előtti állapotokat. Egészen 1848-ig fennmaradt a külön erdélyi országgyűlés is.

A Szent Liga ereje néhány évvel a fényes budai győzelem után fogyatkozni kezdett. A francia király is a szultán mellé állt. Az 1691-es szalánkeméni csatában mindkét sereg több mint tízezer katonát vesztett. Még néhány év céltalan küzdelem után végül sor kerülhetett a béketárgyalásokra. Az 1699-es karlócai békében a szultán lemondott Magyarország birtokáról, Erdélyt szintén a Habsburgoknak engedte át. Azt is vállalta, hogy a bujdosókat, köztük Thökölyt messze földre száműzi.

A karlócai béke helyének kiválasztása jól mutatta az ország állapotát. Karlóca ugyanis ekkor már nem létezett. A tárgyalók üszkös romok mellett, sátrakban kötötték meg a megállapodást. Lipót és szövetségeseinek a seregei kiverték ugyan a törököt, de az egykori hódoltság a nyomukban elnéptelenedett, a lakosság elpusztult vagy elmenekült. Ám a hadak nem járta területek népére is szenvedés várt. Az udvar ugyanis a háborúhoz szükséges pénzt javarészt tőlük akarta megszerezni. A jobbágyokat súlyosan érintette a beszállásolás is. Télen a pihenő katonákat a parasztcsaládoknál helyezték el, ahol ingyen szállás és élelmezés járt nekik. Nyáron az ún. forspont, a hosszúfuvar terhelte a földműveseket: a hadsereg utánpótlását, élelmét, fegyvereit kellett szállítaniuk fizetség nélkül.

A többé-kevésbé törvényes adóztatás és más terhek azonban csak részben tudták a katonaság igényeit fedezni. Több tiszt és tábornok erőszakkal pótolta a hiányt. Hírhedt volt a kegyetlenkedésekről és rablásokról az itáliai származású Antonio Caraffa generális.

Az ország kifosztása a háború csitultával, a békekötéssel nem szűnt meg. I. Lipót még 1687-ben országgyűlést hívott össze. A Buda felszabadításán ujjongó nemesek megszavazták, hogy a Habsburgokon kívül mást soha nem fogadnak el királynak. Lemondtak az ellenállás jogáról is, melyet még évszázadokkal korábban, az Aranybullában biztosított számukra II. András. A császár sietett kihasználni a magyarok tehetetlenségét. 1688-ban létrehozta az Újszerzeményi Bizottságot. Ennek már a neve is igen árulkodó volt. Bécs az egész töröktől visszahódított területet saját magáénak, „új szerzeménynek” tekintette. Ha egy nemes vissza akarta kapni ősei birtokát, oklevéllel kellett bizonyítania, hogy az a földdarab valaha a családjáé volt. A háborúk során azonban az oklevelek java része megsemmisült. Az udvar így nagyon sok területre mondhatta azt, hogy azok gazdátlanná váltak. Ezeket a földeket a hadseregnek fegyvert, élelmet szállító német és más nemzetiségű kereskedők kapták. Őket a kincstár másképpen nem is tudta kifizetni. Hatalmas birtokokhoz jutottak a hadvezérek is.

Az elnéptelenedett területekre új tulajdonosaik és maga az udvar is igyekezett lakosokat toborozni. A korábban magyarok lakta vidékeken más népek kerültek többségbe. Először szerbek, később románok, németek költöztek az elhagyott jobbágytelkekre.



A töröktől való megszabadulás örömét szerte az országban az elkeseredés váltotta föl. A tönkretett parasztok és kisemmizett nemesek csakhamar fegyvert fogtak. A lázadás elsőnek 1697-ben, Tokajhegyalján ütötte föl a fejét. A remek borairól híres, gazdag vidéket a fosztogató katonák teljesen tönkretették. Ezt a felkelést — szervezetlensége miatt — a császári seregek gyorsan le tudták verni. Három évvel később kitudódott, hogy Zrínyi Ilona fia, a fiatal II. Rákóczi Ferenc a császár ellenségével, XIV. Lajos francia királlyal tart kapcsolatot, és összeesküvést szervez az elégedetlen főurak körében. Az udvar azonban résen volt. Rákóczi, hogy életét megmentse, Lengyelországba menekült.



A görög katolikus egyház létrejötte A Habsburgok az 1600-as évek végén sem adták föl azt a tervüket, hogy Magyarországból egyvallású államot alkossanak. A protestánsok mellett legfőbb akadályai ennek az ortodoxok voltak. Ők nem ismerték el a pápát, más szertartásaik és templomaik voltak, papjaik pedig családot alapíthattak. Elsősorban a jezsuiták szorgalmazása nyomán 1595-ben a ruszinok és ukránok, 1700-ban pedig a román papság egy része uniós, egyezséget köt Rómával. A szerződés nyomán ezek az egyházak elfogadják a pápa legfőbb hatalmát és a katolikus egyház hittételeit. Cserébe megtarthatták évszázadok óta kialakult szokásaikat, ruháikat, képeiket, s papjaik továbbra is nősülhettek. Templomaikban nem kellett használniuk a latin nyelvet, hanem a nép nyelvén tarthatták szertartásaikat. Mivel ezek a szertartások görög eredetűek, görög katolikus egyház néven is említik ezeket a közösségeket. Az unióval különösen a papság járt jól, mert megkapták a római katolikus lelkészek összes kiváltságait (korábban szinte jobbágyokként éltek). A ruszinok és a románok példáját hamarosan követték az Erdélybe költözött örmények is. A szerbek viszont hosszas tárgyalások után sem fogadták el az uniót.