Tapolcán született 1763. május 9-én.

Kispolgári család fia, apja vargaként kereste családjának a kenyeret.

Gimnáziumi tanulmányait Keszthelyen, Veszprémben és Sopronban, a filozófiai tanfolyamot 1783-tól Pesten, a piaristáknál végezte. Itt tanára, Horányi Elek felébresztette történelmi érdeklődését.

Tanulmányai folytatásához az anyagiakat csak úgy tudta előteremteni, hogy állást vállalt; joghallgatóként Orczy Lőrinc házába került, mint a neves költő fiának tanulótársa. A tehetős és tekintélyes család mind életkörülményeinek, mind intellektuális arculatának alakulásában meghatározó szerepet játszott. Ők egyengették, amíg tudták hivatali pályáját, s bizonyosan hozzájárultak ahhoz, hogy az alacsony sorból származó fiatalember oly öntudatosan és magabiztosan mozogjon az életben.

1787-től az Orczy család támogatásával Kassán, a kamaránál gyakornok, majd írnok. Valószínűleg itt lett szabadkőműves. 1788-ban az ifjú Kazinczy Ferenccel és az öregedő ’deákos’ Baróti Szabó Dáviddal megalapította a Magyar Museum című lapot, melyet a második számtól egyedül szerkesztett. A két ifjú egyaránt vezérségre tört, viszonyuk megromlott, s útjaik végleg elváltak. A szakítás oka valószínűleg nemcsak szakmai vetélkedés volt: a folyóirat Kazinczy által készített előbeszéde és a Batsányi által átdolgozott változat között koncepcionális a különbség. Batsányi egyértelműen az 1870-es évek nem nemesi értelmiségének ideológiája szellemében írja át Kazinczy szövegét, amely viszont a felvilágosult rendiség új igényeit tükrözte.

1793-ban forradalmi versei miatt elvesztette állását, elhagyta Kassát. 1794. szeptember 10-én a jakobinus szövetkezésben való részvétel gyanúja miatt Budán elfogták. A vádat nem sikerült rábizonyítani, de az eljárás során tanúsított magatartása miatt egy évi fogságra ítélték és Kufsteinba szállították.

1796. május 23-án szabadult. Bécsben telepedett le hivatalnokként, ahol részt vett a művészeti életben, újrakezdi szerkesztői munkásságát. Nem saját műveit akarja megjelentetni, hanem írótársaiét. Festetics György anyagi segítségével megindítja a Magyar Minerva című folyóiratát, amelyben Ányos Pál és Virág Benedek alkotásait adja közre.

1805-ben feleségül vette Baumberg Gabriellát, a neves osztrák költőnőt. 1809-ben átjavította és a kiáltvány hangját kiélező közbeszúrásokkal egészítette ki Napóleon proklamációját a magyarokhoz.

A Bécsből kivonuló csapatokkal Párizsba ment, ahol Maret államtitkár, Batsányi kufsteini rabtársa nyugdíjat járt ki számára. 1815. augusztus 5-én a Párizst megszálló osztrák katonaság elfogta, Spielberg várbörtönébe szállították, ahonnan - felesége közbenjárására - 1816. augusztus 14-én szabadult; s Linzbe száműzik. A Magyar Tudós Társaság 1843-ban levelező tagjává választotta.

1845. május 12-én halt meg Linzben.